Dalam tiga dekade belakangan ini,proses bioprospecting yang biasanya dilakukan oleh negara maju (negara utara) gencar untuk dilakukan pada kawasan dengan sumber biodiversitas tinggi yaitu pada daerah yurisdiksi negara-negara berkembang (negara selatan). Namun, proses bioprospecting tersebut mengarah pada klaim sepihak yaitu dengan menggunakan aplikasi paten, tanpa mendapatkan Persetujuan Atas Dasar Informasi Awal (PADIA) dan juga pemberian insentif bagi penyedia sumber daya genetika dan atau pemegang pengetahuan tradisional. Kegiatan biprospecting yang tidak mendapatkan izin dan tanpa membagi hasil keuntungan kepada pemilik sumber daya hayati dapat disebut sebagai tindakan biopiracy. Karena itu, salah satu tujuan Konvensi Keanekaragaman Hayati (KKH) adalah pada akses dan bagi hasil keuntungan yang adil dan seimbang pada pemanfaatan sumber daya genetik, yang kemudian diadopsinya Protokol Nagoya untuk mengatur lebih lanjut mengenai pemanfaatan sumber daya genetik tersebut. Di sisi lain, kedaulatan negara berkembang yang sebelumnya telah menjadi fitur utama dari KKH mendapat tantangan ketika harus bernegosiasi dalam proses Protokol Nagoya hingga ke tahap implementasi. Kedaulatan akan diamati melalui tiga variabel, yakni otonomi, legitimasi, dan kontrol di sepanjang proses negosiasi dan implementasi Protokol Nagoya dengan seleksi kasus berupa dua negara berkembang yang memiliki status negara megadiversitas, yaitu Indonesia dan India.
Proses negosiasi Protokol Nagoya menempatkan posisi Indonesia dan India di dalam situasi mempertahankan kedaulatannya walaupun konsekuensi dari menerima sebuah protokol berupa otonomi negara dalam mengambil keputusan menjadi terkurangi, tetapi di satu sisi legitimasi eksternal dan juga kontrol menjadi meningkat. Pada tahap implementasi India yang lebih maju dalam hal kepatuhan terhadap protokol ketimbang Indonesia yang mengakibatkan posisi India lebih kuat dalam mempertahankan kedaulatannya dan Indonesia yang jika membiarkan celah aturan dalam negeri yang belum terselesaikan akan melemahkan kedaulatan negara sendiri.
Kata Kunci : Kedaulatan, Negara Berkembang, Protokol Nagoya, Sumber Daya Genetik, biopiracy
Daftar Pustaka: 82 pustaka, 1992 s.d. 2016